醫療廢物、廢水的無害化處理已被國家環保局列為國家文明衛生城市評比的重要指標。衛生部《醫院感染管理規范》規定：二級以上醫院必須設置焚燒爐（就是焚燒醫院垃圾）  

    根據醫院的規模、性質和處理污水排放去向，進行工藝選擇。醫院分為傳染病醫院和綜合醫院。醫院污水處理后排放去向分為排入自然水體和通過市政下水道排入城市污水處理廠兩類。  
    醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。